V Černilově působí dvě farnosti - Římskokatolická a farnost Českobratrské církve evangelické. Jejich webové stránky najdete zde:
Katolický kostel Nalezení svatého Štěpána
Černilovský katolický kostel je postaven podle plánů Donata Morazziho z Chrudimi v letech 1752 až 1756. Nese název podle svátku Nalezení (těla) svatého Štěpána, který se dříve slavil 3. srpna. Až do roku 1899 se totiž v Černilově pouť slavila v srpnu. Na návrh Václava Prokše, rolníka č.p. 68 rozhodlo obecní zastupitelstvo: "Aby byl sv. Štěpánský pout přesunut ze srpna na červenec a to vždy na třetí neděli proto, že v srpnu spadal vždy do největších žňových prací."
Tento kostel tvoří spolu s farou charakteristickou dominantu obce. Je vidět do širokého okolí. Přijíždíte-li do Černilova, vždy nejprve spatříte typickou štíhlou věž, hrdě se tyčící nad okolní krajinu do výšky necelých čtyřiceti metrů. Dnes jsou ve věži zavěšeny dva zvony z roku 1970. Větší váží 620kg, menší má váhu 324kg. Nad presbytářem má kostel malou osmibokou věžičku, tak zvaný sanktusník a nad vchodem.
Interiér kostela je poměrně bohatý. V presbytáři je umístěn hlavní oltář se sochami sv. Štěpána, sv. Petra a sv. Pavla, zdobená kazatelna, pískovcová křtitelnice z roku 1895, sedes a nový oltář, u kterého se slouží mše svatá čelem k lidem. Hlavní loď kostela má na levé čelní straně oltář se sochou Panny Marie, na pravé straně je oltář se svatostánkem a sochou Pána Ježíše. Uprostřed levé stěny byly do roku 1903 tzv. "lejšovské dveře". Dnes je zde Lurdská jeskyně pořízena z daru Katolické národní jednoty. Pravá stěna má uprostřed tzv. "výravské dveře", v jejichž výklenku je o vánocích vystaven betlém. Pod kůrem, jsou v rozích kostela zpovědní a úklidová místnost, dvě dřevěné barokní zpovědnice a dva obrazy Madony s Ježíškem. Prostor mezi kostelní lodí a předsíní je oddělen kovovými dvoudílnými dveřmi s mříží. Vnitřní stěny kostela jsou barevně vymalovány. Ve výšce oken, také barevně zdobených, jsou na stěnu malované obrazy. Pod těmito obrazy visí po obvodu lodi kostela zavěšena křížová cesta a čtrnáct kovaných ramínkových svícnů z druhé poloviny 18. století.
Za hlavním oltářem se nachází sakristie, jakési zákulisí a místo k uložení bohoslužebných předmětů a pomůcek. Zde nade dveřmi je nápis o položení základního kamene.
Kostel má kryptu. Je v ní pochován zakladatel kostela Jan František Nejedlý.
Evangelické kostely
Dva ze tří kostelů, typických pro Černilov, patřily do roku 1978 Českobratrské církvi evangelické. "Dolejší" kostel, dříve církve augsburského vyznání, přebudoval tehdejší MNV na smuteční obřadní síň. Je to jednolodní stavba s úzkou věží v západním průčelí. Tři páry oken osvětlují loď, která má rovný strop. "Prostřední" kostel Českobratrské církve evangelické je postaven v pseudorománském slohu a okrouhlou apsidou k východu a věží nad západním průčelím s nápisem: POKOJ VÁM. Loď má rovný strop, stejně i kněžiště. Na čelní stěně je zavěšena kazatelna a dvě stolice, před kterými stojí stůl Páně. Na protější straně kostela, na kůru, jsou jednomanuálové varhany. Citáty z Lukáše a Žalmů najdeme napsané na stěnách mezi okny. Ve vstupní síni v levé stěně je vsazena pamětní deska připomínající zahájení stavby v roce 1830. Vpravo vidíme desku k pětistému výročí smrti M. Jana Husa s nápisem:
HLEDEJ pravdu, SLYŠ pravdu, UČ SE pravdu, MILUJ pravdu,
PRAV pravdu, DRŽ pravdu, BRAŇ pravdu, AŽ DO SMRTI.